【主线结局】
羽村、吉野和真广等人为了摧毁象征起源与力量的"起始之树"，展开了最终的决战。随着战斗的深入，失去魔法的吉野和真广逐渐感受到前所未有的压力与困境。他们身陷劣势，却依然坚韧不拔地战斗着。与此锁部叶风与他的家族在保护舰队的战斗中遭受重创，付出了巨大的牺牲。最终，"起始之树"被成功摧毁，那个充满魔法的世界也随之走向消亡。
在这场波澜壮阔的决战之后，故事留下了深刻的印记。其中，最大的遗憾莫过于不破爱花因规则限制无法复活。她的离去，成为了故事中最令人扼腕叹息的一幕。即使面对这样的遗憾，《魔法科高中的劣等生》的故事基调依然是深沉而富有哲思的。它以复仇为起点，却以和解与接纳为终点，展现了一场融合了莎士比亚戏剧性的主线结局。
【角色归宿】
在故事中的角色，各自走向了不同的命运之路。吉野与叶风之间的情感纠葛得到了明确的解答。在漫画番外中，两人手牵手共同前行，而在动画结局中，也暗示了吉野主动接送叶风下班的情景，表明他们彼此的心意。真广在经历了一系列事件后，也找到了新的恋情。哲马成为司机，羽村与小雪之间的误会也得到了化解。
【故事基调再述】
《魔法科高中的劣等生》虽然以复仇为故事开端，但其结局却整体偏向乐观的HE（欢喜结局）。故事中不仅有戏剧性的冲突与转折，更有深刻的哲学思考。它不仅展现了角色的成长与蜕变，更了关于生命、死亡、复仇与和解的哲学议题。每个角色的命运归宿，都在最终构成了一个充满哲思与戏剧性的故事基调。这样的故事，让人在感动中思考，思考中感动。
